В 710 году первая постоянная столица Японии была основана в городе Hара. Город был построен по образцу столицы Китая. В Hара были выстроены новые большие буддийские монастыри, политическое влияние которых вскоре достигло такого уровня, что ради сохранения власти императора столица была перемещена в 784 году в город Hагаока, и в 764 году в Хэйан (Киото), где и оставалась на протяжении тысячи лет.

VIII-XI века - время возникновения самурайства. В результате роста крупных землевладений и поглощения ими мелких, мелкие собственники были вынуждены отдавать себя под защиту и покровительство крупных феодалов. Вассалы были обязаны сюзеренам воинской службой. Эти дружинники превращались постепенно из "дворцовых самураев" в самураев нового типа - вооруженных слуг, получавших от своего хозяина за верную службу содержание - жилище и пищу, а иногда и участки земли с приписанными к ней крестьянскими дворами. Другой не менее важной причиной образования сословия воинов была непрекращающаяся с давних времен борьба на северо-востоке страны с племенами айну (эдзо) - потомками коренного населения Японских островов. Еще в период правления императоров Конин (770-781) и Камму (782-805) ввиду частых военных действий на границах при дворе было принято решение о создании специальных отрядов, которые должны были набираться из зажиточных крестьян, "ловких в стрельбе из лука и верховой езде", для противодействия айну. В 802 году в области Муцу был сооружен замок Идзава с помещавшимся в нем управлением обороны (тиндзюфу), учрежденным в 725 году. Управление (ставка гарнизона) предназначалось для руководства силами японцев в целях поддержания спокойствия и усмирения аборигенов. В замке Тага-но дзё, построенном немного позднее, помещались "охранные воины", или "воины усмирения и обороны" (тиндзю-но хэй). Граница притягивала к себе также беглых крестьян, стремившихся овладеть землями айну. Со временем правительство стало поощрять переселение таких "адзумабито" ("людей востока") на север. Поселенцы, получившие вооружение от властей, вели с айну более эффективную борьбу, чем военные экспедиции, предпринимаемые японцами во время крупных выступлений айнского населения.

Одной из характерных черт эпох Hара и Хэйан было отклонение от китайского влияния в сторону национального самосознания. Даже когда влияние Китая было ещё сильно, множество привнесённых идей были "японизированы": к примеру, в правительстве было введено несколько министерских постов для поддержки особых, "родных" потребностей страны. И в искусстве росла популярность "родных" японских культурных традиций. Разработка азбук "кана" облегчила жизнь японским литераторам. В 712 г. были составление "Кодзики", первые японские хроники, а в 720 г. - хроники "Нихонги" ("Анналы Японии").

Также во время периода Хэйан появилось несколько заимствованных из Китая буддистских сект, прошедших "японизацию".

Упор в реформах Тайка делался на новую систему управления землей и налоговую систему, но нововведенные высокие налоги вынуждали обедневших крестьян продавать свои наделы и становиться арендаторами у более крупных землевладельцев. Кроме того, многие аристократы и буддийские монастыри добились разрешения не платить налоги. В результате внутренний валовой продукт понижался, и через несколько веков власть фактически переместилась из рук императора в руки крупных независимых землевладельцев.

Клан Фудзивара в течение несколько веков периода Хэйан контролировал политическую ситуацию в стране, выдавая девушек из своего рода замуж за императоров и занимая всё больше постов в Киото и провинции. Влияние клана достигло апогея в 1016 году, когда Фудзивара Митинага стал регентом ("кампаку"). В результате правления Фудзивара в правительстве постоянно оказывались неспособные к управлению люди. Власть не могла поддерживать порядок в стране. Поэтому многие землевладельцы нанимали самураев для защиты своей собственности, и военный класс получал все большее влияние, особенно в Восточной Японии.

Власть клана Фудзивара закончилась в 1068 году, когда новый император Го-Сандзё решил управлять страной самостоятельно, и Фудзивара не смогли подчинить его своей власти. В 1086 году Го-Сандзё отрёкся от престола и стал монахом, но продолжал править страной из монастыря. Hовая форма правления была названа правительством Инсэй (императоров-монахов). Правящие экс-императоры имели свой собственный аппарат управления, независимо от официального, продолжавшего оставаться в руках Фудзивара. Они старались опираться на роды Тайра и Минамото, на буддийские монастыри, влияние которых при системе инсэй возросло. Экс-императоры сосредотачивали в своих руках все больше поместий на правах частной феодальной собственности, тогда как номинальные императоры, чья земля считалась государственной, все более ее теряли. В 12 веке во многих провинциях уже не было государственной земли. В результате власть регентов из дома Фудзивара становилась все более номинальной. Императоры Инсэй оказывали политическое влияние с 1086 до 1156 года, когда правителем Японии стал Тайра Киёмори.

В XII веке особенно выделялись два влиятельных военных клана: кланы Минамото (или Гэндзи) и Тайра (или Хэйкэ). Тайра заняли довольно много постов во время правления клана Фудзивара. С другой стороны, клан Минамото приобрел большой военный опыт, завоевав для Японии некоторые земли в северной части острова Хонсю. Также во время Ранней (первой) Девятилетней войны (1050 - 1059) начавшейся с восстания Иоритоки Абэ, феодала северной провинции Муцу, которого разбили сын и внук Иоринобу Минамото Иориёси и Иосииэ; и во время Поздней (второй) Трёхлетней войны (1083 - 1087), когда Иосииэ Минамото по приказу Фудзивара выступил против восставшего крупного феодала северной провинции Дэва Киёвара и после трехлетней борьбы одержал над ним победу - клан Минамото показал себя боеспособным и сильным противником.

После восстания Хэйдзи (1159 г.), битвы за власть между двумя кланами, Тайра Киёмори стал лидером Японии и правил страной с 1168 по 1178 год, не обращая внимания на императора. Его основными противниками были не только клан Минамото, но и растущая военная мощь буддистских монастырей, часто ведущих войну между собой и нарушающих общественное спокойствие.

После смерти Киёмори кланы Тайра и Минамото, борясь за власть, развязали войну Гэмпэй (1180 - 1185). Минамото и его сторонники стремились к захвату богатых освоенных земель Тайра. Феодалы Минамото, властвовавшие в северо-восточных районах равнины Канто, располагали более дееспособной и многочисленной армией самураев, закаленной в схватках с айну. Кроме того, Минамото обладал несомненным преимуществом перед своими противниками - он мог постоянно снабжать переходящих к нему дружинников мелкими земельными наделами, отвоеванными у аборигенов. Все это обусловило в итоге поражение Тайра в ряде сражений, самым значительным из которых была морская битва при Данноура (Симоносэки) в 1185 году.

После нейтрализации всех своих потенциальных противников, включая некоторых членов семьи, Минамото Ёритомо в 1192 году был назван сёгуном ("главнокомандующим") и основал новое правительство (сёгунат или "бакуфу") в своём родном городе Камакура.