Hовое феодальное правительство было организовано проще, нежели китайское, и поэтому оно работало более эффективно в условиях Японии.

После смерти Ёритомо в 1199 г. в связи с неспособностью его старшего сына к управлению был создан совет из крупнейших военачальников. Во главе его стал тесть Иоримото - Токимаса Ходзё. После длительной борьбы между внуками и сыновьями Иоримото сёгуном стал его младший сын Санэмото Минамото. Он был малолетним и регентом при нем стал все тот же Токимаса Ходзё, принявший титул "сиккэн" (правитель).

Титул и пост сиккэна, фактически главы государства, ставшие наследственными, оставались в руках дома Ходзё до 1333 г. Перераспределяя земли, захваченные во время переворота, они заручились расположением всех влиятельных людей Японии.

6 июня 1221 г. экс-император Го-Тоба-ин попытался вернуть себе реальную власть, потерянную его предшественником Го-Сиракава. Он объявил Иоситоки Ходзё вне закона, а Восточную Японию, цитадель сёгуната, - мятежной. Бакуфу выслало против Киото войско под командованием Ясутоки, сына Иоситоки. Тот занял Киото, низложил и сослал Го-Тоба на о-в Оки, казнил всех замешанных, конфисковал около 3000 крупных поместий, которые разделил на кусочки и раздал в качестве ленов своим вассалам.

Таким образом, мелкие ленные владения утвердились как господствующая форма землевладения, а мелкопоместное военно-служилое дворянство (буси, самураи) стало господствующей силой. Бакуфу (ставка сёгуна) приобрело право утверждать императоров и экс-императоров, определять порядок престолонаследия, назначать регентов.

Влияние Китая продолжалось и во время периода Камакура. Появились новые буддистские секты: секта Дзэн (привезена из Китая в 1191 году) нашла большое число последователей среди самураев, лидирующего класса того времени. Другая буддистская секта, радикальная и нетерпимая секта Лотосовой Сутры была основана Hитирэном в 1253 году. Впоследствии ее переименовали в секту Нитирэн. Ее отличали враждебное отношение к другим буддистским сектам и ярко выраженный национализм.

В 1232 году был введен "Дзёэй Сикимоку", свод законов. Он установил особую значимость верности господину и предназначался для борьбы с падением нравственности и дисциплины. Клан Ходзё контролировал всю страну, и любое проявление мятежа немедленно пресекалось.

Сёгуны оставались в Камакуре и не имели особой власти, а их представители находились в Киото и западной Японии. Губернаторы и полиция жестко держали в руках власть в провинции. Регенты клана Ходзё смогли обеспечить некоторое время мира и экономического процветания до тех пор, пока Японии не начали угрожать враги извне.

В 1259 году монголы завоевали Китай и стали интересоваться Японией. Император Китая Хубилай, происходивший из рода Чингиз-хана, чьи войска не столь давно завоевали Поднебесную, направил в Японию посла с угрожающими письмами с требованием изъявления покорности. Угрозы монголов были проигнорированы правительством Камакура.

В результате монголы предприняли в 1274 году первую попытку завоевать остров Кюсю.

Морская экспедиция Хубилая подошла к берегам Кюсю. Его войско заняло острова Цусима и Ики, высадилось на Кюсю, заняло г.Хаката. Однако монголы вынуждены были покинуть Кюсю из-за боязни отказаться отрезанными от материка в результате гибели большинства судов, разбитых бурей. Это обстоятельство очень помогло Японии, так как японцы не могли противостоять огромной монгольской армии. В 1275 г. Хубилай отправляет очередное посольство с требованием признать сюзеренитет Китая. Члены посольства были казнены в Камакуре.

После основательных приготовлений японцы были способны противостоять второй интервенции монголов в 1281 году. Но тайфун уничтожил почти все корабли Хубилая. Японцы ожидали нового вторжения еще долго, до самой смерти Хубилая в 1294 г., но его так и не последовало. Этот тайфун вошел в историю Японии как "камикадзе" ("божественный ветер").

При вторжениях Хубилая самурайские дружины впервые столкнулись с новой для них тактикой ведения войны, заключавшейся во взаимодействии всех подразделений войска, общем командовании, в действиях с флангов (обходы и окружения) и т.д., а также с незнакомым доселе огнестрельным оружием, которое уничтожило и сожгло большую часть береговых укреплений японцев. Все это заложило основу новой военной организации, помогшей впоследствии полководцу Хидэёси во многих победах.

Результаты многолетних военных приготовлений были губительны для правительства Камакура, не принося прибыли и требуя больших денег. Многие военные ждали обещанные им деньги, которые правительство было не в состоянии заплатить. В общем, финансовые проблемы и снижение доверия со стороны власть имущих стали важнейшими из причин падения правительства Камакура.

До 1333 года влияние регентов Ходзё снизилось до такого низкого уровня, что император Го-Дайго смог восстановить прежнюю власть императора и сместить сёгунат Камакура.