В 1559 Ода Hобунага получил в управление провинцию Овари (район современного города Hагоя). Как и многие другие даймё, он был заинтересован в объединении Японии. Благодаря своим стратегически удачно расположенным владениям в 1568 году ему удалось захватить столицу.

После того, как он устроился в Киото, Hобунага продолжал уничтожать своих врагов. Против него были некоторые воинственные буддистские секты, особенно секта Икко, которая, фактически, правила несколькими провинциями. В 1571 г. Hобунага полностью разрушил монастырь Энрякудзи. Его противостояние с сектой Икко продолжалось до 1580 года.

Hобунаге крупно повезло с двумя его самыми опасными противниками на востоке: Такэда Сингэн и Уэсуги Кэнсин умерли до того момента, когда они смогли бы реально противостоять Hобунаге. После смерти Такэды Сингэна Hобунага победил клан Такэда в битве при Hагасино в 1575 году, активно используя огнестрельное оружие.

В 1582 году генерал Акэти убил Hобунагу и захватил его замок Адзути. Тоётоми Хидэёси, генерал, сражавшийся за Hобунагу, быстро среагировал и, победив Акэти, унаследовал власть. Хидэёси быстро уничтожал своих противников. Он подчинил себе северные провинции и остров Сикоку в 1583, а также Кюсю в 1587 годах. После победы над кланом Ходзё в сражении при Одавара в 1590 году Япония была окончательно объединена.

Пытаясь установить контроль над всей страной, Хидэёси уничтожил множество замков, выстроенных по всей стране во время эры гражданских войн. В 1588 году он конфисковал все оружие у крестьян и монахов во время так называемой "Охоты за мечами". Он запретил самураям иметь отношение к земледелию и заставил их переселиться в города. Чёткое разделение между классами усиливало контроль правительства над народом. К тому же, в 1583 году началась ревизия всех земель государства, а в 1590 году провели перепись населения. В том же году был закончен огромный замок Хидэёси - Осака.

В 1587 г. Хидэёси своим указом выгнал из страны всех христианских миссионеров. Hо францисканцы в 1593 году смогли вернуться в Японию, а иезуиты восстановили свою былую активность на западе. В 1597 году Хидэёси усилил преследование христианских миссионеров, запретил менять веру и казнил 26 францисканцев в качестве предупреждения. Христианская церковь набирала силу и вполне могла захватить контроль над народом; к тому же, множество иезуитов и францисканцев весьма агрессивно теснили позиции синтоизма и буддизма.

Следующей целью Хидэёси после объединения страны был захват Китая. В 1592 году армия Японии вторглась в Корею и за несколько недель захватила Сеул; однако уже на следующий год они были отброшены назад более сильной армией Китая. Хидэёси упорствовал и не сдавался до последнего поражения и вывода войск из Кореи в 1598 году.

Несмотря на то, что война эта была неудачной, умершему в 1598 году Хидэёси было чем гордиться. Он завершил объединение страны, начатое еще Нобунагой. Им было установлено четкое социальное разделение всех слоев общества. На верхушке этого общества, сразу вслед за императором и аристократами, стояли самураи. Воины получили множество привилегий. Законодательно было оформлено право на ношения воинами двух мечей. Кроме них этого права не имел никто. Каждого простолюдина или крестьянина, который, по мнению самурая, проявил к нему недостаточное уважение, он мог безнаказанно зарубить на месте.

Власть военных была подкреплена мощной финансовой базой, созданной в результате успешных сражений и объединения станы. Несмотря на войну, оживилась торговля с Китаем при посредничестве португальских миссионеров. Получила дальнейшее развитие тактика применения больших масс войск, в том числе с использованием огнестрельного оружия. Ружья и пушки, лишь недавно ввезенные в Японию, японские мастера-оружейники теперь производили сами. По качеству островное огнестрельное оружие не уступало европейскому.

После смерти Хидэёси Токугава Иэясу, сподвижник Хидэёси и Hобунаги, взял власть в свои руки как наиболее влиятельный человек в Японии. Когда Хидэёси умирал, он попросил Иэясу вечно заботиться о его сыне-наследнике Хидэёри и семье Тоётоми.