Корни кукольного театра в Японии восходят к кугуцуси, охотникам, которые в свободное время развлекались тем, что делали кукол и экспромтом устраивали кукольные представления. Конечно же, их искусство было весьма простым. Они устраивали представления прямо на улице или переходя от дома к дому. Кукольные представления позже стали устраивать последователи буддийской секты дзёдо, используя для кукольных сцен буддистские. У некоторых из этих странствующих монахов-актёров к шее на шнурках была подвешена миниатюрная сцена, так называемая кубикакэ. На этой маленькой сцене при помощи кукол рассказывалась история какого-нибудь известного храма, часто посещаемого паломниками, или же история происхождения какого-нибудь буддийского божества. Позднее бродячие кукольные представления соединились с сэккё – музыкальными изложениями буддийских рассказов, что способствовало росту их популярности. Кукольные представления, известные в древности, как кугуцу, оказались приспособленными для более мирских целей, так как ещё до эпохи Токугава куртизанки из окрестностей Нисиномия, близ Кобэ, прибегали к этому искусству для развлечения своих покровителей.
В первые годы Токугава сэккё ещё сильнее проникли в сферу народных увлечений. Развитию этого искусства способствовало сопровождение на музыкальных инструментах: сначала в виде бамбуковых палочек, которые тёрли друг о друга, а позднее в виде струнного сямисэна. Кроме того, темы, бывшие прежде преимущественно религиозными и историческими, стали обретать более мирской и светский характер, приобрели любовную и несколько излишне чувственную окраску. В период своего заката сэккё приняли форму утадзаимон и кадо-сэккё: первые исполнялись под аккомпанемент сямисэна, вторые – под мелодию кокё, японского варианта скрипки, или под трение бамбуковых палочек. До более высокоразвитого искусства дзёрури оставался один шаг.
   Популярная музыкальная пьеса дзёрури, исполняемая под аккомпанемент сямисэна, существовала уже во второй четверти XVI века. Она получила признание в среде народа, в отличие от исполняемых в сопровождении бива повествований "Хэйкэ”, признанных в высших кругах. Самым ранним использованным для дзёрури текстом была "История Дзёрури”, откуда и произошло название и самого жанра. В основе её лежал рассказ о романтической любви популярного героя Минамото Ёсицунэ и Дзёрури, дочери состоятельного торговца. Более лёгкие темы пьес удачно соединились с кукольными представлениями и игрой на сямисэне. Первым художником, соединившим дзёрури с кукольным представлением, был Дзёкэй. Отцом его был Дзёкэн, уроженец города Сакаи, близ Осака. Он играл на бива и был знаменитым исполнителем "Хэйкэ-моноготари”. Дзёкэй унаследовал от отца исполнительское мастерство и особый стиль дзёрури и соединил их с особым искусством кукольных представлений, которое он изучал у Гэннодзё, кукольника из Нисиномия. Очевидно, могущественный Тоётоми Хидэёси, который сам происходил из простой крестьянской семьи, проявил интерес к новому театру, так как для его развлечения была дана пьеса, где Дзёкэю помогал один из кукольников школы Гэннодзё. Ещё одним учеником Гэннодзё был Дзиробэй из Киото, который вместе со своим наставником исполнил кукольное представление, сопровождаемое дзёрури – одно из первых в Японии. Сообщают, что своей новизной оно вызвало в древней столице большой ажиотаж.
   Родившийся в 1595 году сын Дзёкэя Дзёун продолжал традиции своего отца вначале под псевдонимами Торая Дзироэмон и Кохэйда. Позднее, став монахом, он принял имя Дзёун, но поскольку изящная атмосфера западной столицы – Киото не соответствовала его воинственному характеру и темам его дзёрури, он отправился искать счастья в сёгунскую столицу Эдо, где основал в квартале Накабаси кукольный театр и начал давать представления. Речь его героев была свободна от вульгаризмов, куклы и их костюмы были выполнены в классическом стиле, музыка сямисэна, сопровождающая представления, была удивительно проста. Он отказался от глиняных кукол в пользу деревянных. Бумажные занавески были заменены роскошными шёлковыми.
  Oдним из наиболее выдающихся учеников Дзёуна был Гэндаю. Его дзёрури отличались утончённостью и изяществом. Он ощущал, что почва Эдо неблагоприятна для его искусства и вернулся в Киото, где к нему присоединился ещё один ученик Дзёуна – Мияути Гидаю. С появлением в Киото этих выдающихся исполнителей началась новая эра расцвета кукольного театра.
   В Осаке, после падения замка Тоётоми, множество самураев оказались без хозяина и занялись грабежом. Чтобы устранить беспорядки, им было поручена охранять башни Осакского замка. Чтобы развлечь себя на этой скучной службе и заработать больше денег, они решили давать кукольные представления для прохожих. Это ещё более способствовало росту популярности дзёрури.